断罪塔的惨剧过后，格里菲斯成功受肉在现世复活，但当格斯亲眼目睹格里菲斯复活时，内心产生了极大的动摇。接着由于这个边境之地产生龟裂，令世界的形态开始崩溃。
以现代日本为背景，描绘忍者与极道之间激烈对抗的动作漫画。1657 年，在明历大火的背后，由幕后江户守护者神赛惨蔵与始祖极道、江户第一任侠幡随院长兵卫的死斗引发的忍者与极道的宿怨，至今仍在延续。极道，既是那些被社会孤立之人的唯一归宿，同时也因犯下诸多恶行而屡遭企图消灭极道的忍者袭击。 竹本组的“幕后组长”兼“破坏之八极道”成员之一辉村极道，为了彻底消灭忍者，使用了一种能异常强化身体能力的毒品——“地狱回数券”，并在东京各处制造引人注目的骚乱，以此引诱察觉恶行而来的忍者。在这场骚乱中，一个不受法律与权力束缚、致力于阻止极道恶行的忍者团体“帝都八忍”中的一员被杀，包括“多仲忍者”在内的同伴们燃起了对极道的复仇之火。 另一方面，表面上过着高中生生活的少年“忍者（忍叶）”和表面上作为精英上班族生活的青年“极道（极美）”，因女童向动画《公主系列》的话题而意气相投，在彼此不知对方真实身份是“忍者与极道”的情况下建立了友谊。
故事发生在1931年的上海，第一次世界大战让各个国家都是一副满目疮痍的面孔，在战火和硝烟之后，存在着一个从未被载入史书的秘密组织，人们称它为“樱井机关”。这个组织收纳了一群拥有着特异功能的成员们，他们依靠着各自的能力，解决着发生在当时的各种各样疑难案件。 个性开朗作风轻浮的三好葵（吉野裕行 配音）、心高气傲刻板固执的伊波葛（浪川大辅 配音）、温文尔雅的千金大小姐苑树雪菜（生田善子 配音）以及其貌不扬对雪菜忠心耿耿的键谷枣（星野贵纪 配音），他们穿梭在死亡和危险之中，并且最终无法自持的被卷入了一个惊人的秘密之内。
