与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。 然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机……
集境十八楼联盟企图攻占苦境。灯蝶利用太幻楼人事更替之际，阴谋夺权，成为楼主花影人，其後又成为十八楼的联盟主席，声势震撼武林诸派。其时魔域趁机蠢动，三途判也趁此机会挣脱天牢，并勾结半邪郎等恶徒，企图再度危害武林，中原武林纷争迭起。 紫锦囊、一休禅师、慈航渡、崎路人┅┅等侠义之士，为平息武林之纷争，奔走奋战，冒险牺牲与邪教恶徒相抗衡，陆续平定群妖，但其伤亡自不在话下。
在点心公司工作的梦子，因一场事故失去了记忆。 原本是自卑的化身、厌恶自己到不行的梦子，醒来后却变成了超级积极、自我肯定感MAX的性格。 面对与原来性格截然相反的梦子，周围的人难掩困惑，但梦子积极直率的样子，开始一点点地带来变化—— 恋爱、工作、友情！还飘散着一丝事件的气息……？ 爆笑办公室恋爱喜剧！
近未来の東京。車は列なり、電車が走り、ひっきりなしに人々が行き交う、何気ない日常の光景が繰り広げられている。街の上空に突如現れる黒い点。その点は見る見る大きさを増していき、街を飲み込んでいく。車も、電車も、そして人々も――。東京は直径数十キロもの黒いドーム、ブラックポイントに覆われた。拡大を止めたブラックポイントの間近。ギリギリ飲み込まれるのを免れたスカイツリーが屹立している。異様な光景を前に呆然としている人々。――と、ブラックポイント中から何かが近づいてくる。いつ果てるとも知れない絶望の中で、人々はブラックポイントより来たりし者を『Zillions of enemy X』、ゼクスと呼んだ―
冒险家赤间健一在德国探险时发现了一个大洞穴，洞穴通往一座建在附近的城堡。在城堡里面，赤间救下了被一群神秘人袭击的本乡秀树博士。本乡博士是未来科学研究所的领导人，而袭击他的人隶属毁灭了数个文明的暗黑科学帝国Death Dark。 与此同时，Death Dark建造的机械岛·暗黑巨大城死亡乌托邦从海底出现，开始征服世界。本乡博士为了粉碎Death Dark的阴谋，在此前已准备组成一支战队。经过电脑的挑选，赤间健一、黑田官平、青山三郎、黄岛太、桃园美树成为大战队的队员。正与邪的较量一触即发……
