20世紀から約1000年後の未来、外宇宙へと進出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた。 そんな屈辱の中、難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描く。ハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの記憶から辿ることから始まる。
某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世界，而彼时已经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫。 跟随着久美子，小新一行人来到了未来，在那里，金友电机的社长，亦是久美子的父亲金有增藏手握大权，并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来会阻碍自己的计划，增藏派出了刺客，在强大的敌人面前，小新能否顺利救出新之助，并且帮助面前这个陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢？
影片讲述了因不明感染事件而被封锁的建筑内，孤立无援的幸存者们对抗以无法预测形态进化的感染者的故事。
