乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯······
乡下剑术师范贝里尔·加德南特。 如今，他作为骑士团的特别指导官，同时担任孤儿的监护人，渐渐习惯了在首都的生活。 然而，周围的环境却不允许贝里尔安享太平—— 在钻研魔法的教育机构中。 在耸立着必须逾越的高墙的故乡。 在眺望国境的边境伯爵领。 在阴谋翻涌的异国他乡。 贝里尔将作为一名剑士，作为一个人，迎向那些无可回避的全新战斗——
断罪塔的惨剧过后，格里菲斯成功受肉在现世复活，但当格斯亲眼目睹格里菲斯复活时，内心产生了极大的动摇。接着由于这个边境之地产生龟裂，令世界的形态开始崩溃。
在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。 当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。 在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在黑色的悬崖一角露出一种怪异的眼神。 Ash and Yukinari开始主动的与Bisashu战斗，来保护雪拉比。突然，神秘的口袋怪兽Suicune出现了。据说这只神奇的妖怪具有可怕的能力......
