《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
欧阳上智因过於暴虐而被囚禁在死刑岛，但是没多久却传出被囚者并非欧阳上智本人，武林顿时陷入扑朔迷离的局面。素还真、谈无欲误认为以救世为己任的照世明灯即是大魔头欧阳上智，引起叶小钗的反击。雨台齐天塔藉由童颜未老人的力量灭了太阳盟；普九年急欲寻找卧虎藏龙秘笈以复兴南霸天，不料引动十三圣殿关足天进犯中原的野心。素还真与命七天等群侠极力抗敌，可惜因密友一线生反叛而遭致失败，最後竟遭天雷报应收场。 第1集-霹雳剑魂 第2集-情与义的选择 第3集-死岛归帆露天机 第4集-欧阳上智口中的欧阳上智 第5集-峰回路转智上智 第6集-面纱下的面孔 第7集-风暴雨前夕的宁静 第8集-打开天书第一章 第9集-外域来的统治者 第10集-失去光辉的巨星 第11集-罪恶者的遗言 第12集-五尖珠之谜 第13集-紫竹林风云再起 第14集-布袋内的乾坤 第15集-爱情与亲情的选择 第16集-武林大浩劫 第17集-大屠杀 第18集-烽火劫 第19集-蜕变之後的狐狸 第20集-素还真断魂
199X年。主人公ノブが見つけた就職先は拳王軍で、志望者よりも死亡者が多い危険すぎる職場で、働くことになる。ババアに変装したザコやカサンドラのウイグル獄長、聖帝軍の“汚物は消毒の人”など個性豊かなザコが登場する。
近未来の東京。車は列なり、電車が走り、ひっきりなしに人々が行き交う、何気ない日常の光景が繰り広げられている。街の上空に突如現れる黒い点。その点は見る見る大きさを増していき、街を飲み込んでいく。車も、電車も、そして人々も――。東京は直径数十キロもの黒いドーム、ブラックポイントに覆われた。拡大を止めたブラックポイントの間近。ギリギリ飲み込まれるのを免れたスカイツリーが屹立している。異様な光景を前に呆然としている人々。――と、ブラックポイント中から何かが近づいてくる。いつ果てるとも知れない絶望の中で、人々はブラックポイントより来たりし者を『Zillions of enemy X』、ゼクスと呼んだ―
