《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
萧炎，萧家历史上空前绝后的斗气天才！4岁修炼斗之气，11岁突破十段，一跃成为家族百年来最年轻的斗者。然而在12岁那年，他却“丧失”了修炼能力。
打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
乡下剑术师范贝里尔·加德南特。 如今，他作为骑士团的特别指导官，同时担任孤儿的监护人，渐渐习惯了在首都的生活。 然而，周围的环境却不允许贝里尔安享太平—— 在钻研魔法的教育机构中。 在耸立着必须逾越的高墙的故乡。 在眺望国境的边境伯爵领。 在阴谋翻涌的异国他乡。 贝里尔将作为一名剑士，作为一个人，迎向那些无可回避的全新战斗——
夏日的皇家训练营即将开始了，侯特妮公主来到了集中点。可是，即使到了开船时间，侯特妮依然没有听到自己的名字，这究竟是怎么了？这时，侯特妮突然听到了自己的名字，不过却是摇滚训练营……
