从小到大，上杉练（关智一 配音）和姐姐上杉美鸠（北都南 配音）就生活在父亲暴力的阴影之下，终于，忍无可忍的两人选择了离家出走，可是，身无分文的两人在七滨市中几乎无法生存。一次偶然中，姐弟两人遇见了名门久远寺家的大小姐，出于同情，后者决定将两人带回自己的府邸中，担当管家与女佣的职位。 就这样，上杉姐弟两的新生活开始了。久远寺家有着三位女主人，分别是声名远扬的指挥家兼当家久远寺森罗（伊藤静 配音），个性傲娇但直爽的次女久远寺未有（后藤邑子 配音），以及里里外外都是少女心的久远寺梦（水森志寿香）。虽然这三个颇具姿色的大小姐经常让上杉练感到无所适从，但也是她们让上杉练明白，人间自有真情在。
近未来の東京。車は列なり、電車が走り、ひっきりなしに人々が行き交う、何気ない日常の光景が繰り広げられている。街の上空に突如現れる黒い点。その点は見る見る大きさを増していき、街を飲み込んでいく。車も、電車も、そして人々も――。東京は直径数十キロもの黒いドーム、ブラックポイントに覆われた。拡大を止めたブラックポイントの間近。ギリギリ飲み込まれるのを免れたスカイツリーが屹立している。異様な光景を前に呆然としている人々。――と、ブラックポイント中から何かが近づいてくる。いつ果てるとも知れない絶望の中で、人々はブラックポイントより来たりし者を『Zillions of enemy X』、ゼクスと呼んだ―
