打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
武林中为名利、为恩怨纷争不息，霹雳门为防止秘密外泄，极力欲寻回霹雳眼。素还真揭穿白骨灵车宇文天的身份而名声大噪，却引来五大门派的杀机。其友谈无欲也藉黄山八珠联的打击，双方各出名人榜斗智。素还真屡次遇到困难危险，皆以其高超的谋略和卓越的武功化解。不料以智慧著称的欧阳世家暗中崛起，收买各大高手为义子，颠覆各大门派，素还真与欧阳世家斗智斗力，最后却因密友一线生倒戈，素还真功亏一篑，向欧阳上智称臣，各门派因此奉欧阳上智为武林至尊。
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
故事发生在1931年的上海，第一次世界大战让各个国家都是一副满目疮痍的面孔，在战火和硝烟之后，存在着一个从未被载入史书的秘密组织，人们称它为“樱井机关”。这个组织收纳了一群拥有着特异功能的成员们，他们依靠着各自的能力，解决着发生在当时的各种各样疑难案件。 个性开朗作风轻浮的三好葵（吉野裕行 配音）、心高气傲刻板固执的伊波葛（浪川大辅 配音）、温文尔雅的千金大小姐苑树雪菜（生田善子 配音）以及其貌不扬对雪菜忠心耿耿的键谷枣（星野贵纪 配音），他们穿梭在死亡和危险之中，并且最终无法自持的被卷入了一个惊人的秘密之内。
