顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
王爷？切，WHO怕WHO？
「遠未来における地球人類と異星生物の宇宙戦争」という原作のプロットは踏襲したが、軍事に貢献することで参政権がえられるなどの世界観は、軍国主義的、戦争肯定的なものであり、問題があったといえる。そのためアニメ版ではこのような価値観を薄め、『トップガン』のような「軍隊における青春物語」としての性質が濃い（その意味では翻案作品といえる）。ブエノスアイレスがアレクニドの攻撃（原作では攻撃手段の描写がないが、アニメでは宇宙船に取り付いて侵入したアレクニドが攻撃）によって壊滅し、全面戦争が始まった流れは同じだが、なぜ戦うのかという哲学が語られることはなく、普通の高校生だった主人公が兵士として成長する過程が描かれている。
