小仓夫妇19年前约定等孩子满20岁就离婚。完全忘记约定的丈夫小仓涉依旧我行我素地生活，而将此视为郑重承诺并以此为精神支柱的妻子小仓杏，则在日常生活中逐渐动摇。某个暴雨夜，因附近河流即将泛滥，夫妇与其他住户共度一夜，自此他们的日常生活开始悄然改变。
30年前，未知的“侵略性外来生物”突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为“侵略种”的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧死亡与毁灭的同时，只能对危险和灾难视而不见，麻木地过着日常生活。在这样的世界里，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”为了抵御“侵略种”带来的危机与灾害，开始了行动。故事的开端位于远东的岛国“瑞穗”。一位在离岛上生活、以驱除“侵略种”为业的猎人少女——久濑椎名。她唯一的愿望就是与家中唯一的亲人妹妹刹那平静地生活下去。然而，降临在椎名身上的事件究竟是——？
