一直被贴着受欺负孩子标签的实。希望能看到她的笑容的方和杏子，在某个下雨之日的午后，尽情地与她说了话。然而，仍然看不到她真正的笑容，而她的身体状况也变得恶化，连学校也不来了。那之后过了两个月……方和杏子收到了一封不可思议的邮件。没有发件人的名字，甚至无从回信的这封邮件，传达了邻镇夏日祭典的通知——
3度目のアニメ化決まる 累計600万部の人気SFコメディー
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
