在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
集境十八楼联盟企图攻占苦境。灯蝶利用太幻楼人事更替之际，阴谋夺权，成为楼主花影人，其後又成为十八楼的联盟主席，声势震撼武林诸派。其时魔域趁机蠢动，三途判也趁此机会挣脱天牢，并勾结半邪郎等恶徒，企图再度危害武林，中原武林纷争迭起。 紫锦囊、一休禅师、慈航渡、崎路人┅┅等侠义之士，为平息武林之纷争，奔走奋战，冒险牺牲与邪教恶徒相抗衡，陆续平定群妖，但其伤亡自不在话下。
亦雾因为一次网络点赞，被推上了世界杯的舞台。而后又莫名出现在封闭的竞技场，众人被植入倒计时，为了获取生存时间，他们必须进行一种全新的多元策略竞技比赛、还要在充满死亡威胁的场地极限逃生、通关密室等，特殊的环境促使他们既要彼此协作又要互相竞争，而这背后，似乎流传着一个“精神国度”的传说。
穿越者陆圣意外转职为受人鄙视的最弱辅助圣骑士，却凭借SSS级战斗天赋"万倍增幅"从新手秘境砍到万国战场，在血沙战区大战三国联盟、参加全国大考挑战究极职业者、征服龙族获得强大坐骑、完成高难度转职任务不断升级，最终登顶"众神之子榜"榜首，成长为能够挑战诸神、领悟法则之力的最强职业者。
