舞台是近未来的日本，过着普通高中生生活的才贺淳贵听闻10年前便下落不明的父亲的遗体在岩手县黑神山的遗迹中被发现，便急忙赶赴那里。然而才贺在遗迹中却看到了不可思议的幻觉。他的手腕上出现了一个金色的腕轮，上面刻着神代文字“使用者 REIDEEN”。与此同时，巨大的陨石从空中落下、湖中出现了巨大的机器人……
平凡的高中，平凡的部员们。 “我的特点”是什么？ “我的归处”又是什么？ 少女们为了探究这些暧昧的问题，为了实现“不太一样的高中生活”而奋斗，并一点点地成熟起来。 充满现实感的青春高中社团活动喜剧从此开始。
打败火巨人整整一年后，泰戈、卓锋、飞霓、托迪收到了来自战神学院的录取通知书。在进入战神学院之后，他们见证了超变战神的卓越能量。通过学院的培训，他们的个人实力和团队配合不断强化。隐藏在黑暗世界的恶龙军团在诅咒邪神的领导下妄想霸占整个世界。以泰戈为主导的超变勇者们在与恶龙军团大大小小的交战中收获了友情与希望，逐渐成长为超变战神，与武兽之间更加亲密默契。但和平是短暂的，生命力极强的恶龙将们到战神学院发动攻击，在出其不意地攻击下，校长和老师都接连倒下。祸不单行，封印中惊醒的诅咒邪神也向学院逼近。为了守护和平与正义，超变战神们和诅咒邪神展开了最终的生死决战。超变战神们可以守护世界和平吗？
改编自TYPE-MOON发行的同名手机游戏：描述在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。
