全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
在东京晴空塔底下，世界一流的武术爱好者德川光成设置了一个研究实验室，进行禁忌实验。 实验使用最先进的科学技术，目标是用传奇剑豪宫本武藏的遗骸创造出克隆人，让他在现世复活。 这位强大战士早已赢得所有想像得到的称号与荣誉：究极武士、剑圣、天下无双。如今，他的重生恐怕将撼动现代日本，甚至全世界都会陷入混乱。 准备好见证超越历史的终极大战，刃牙、勇次郎、地下斗技场的高手们，以及所有为战斗而生的人都将卷入其中。
改编自TYPE-MOON发行的同名手机游戏：描述在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。
もう『器用貧乏』なんて言わせない！ いつか『万能者』と言われる探索者になってやる！ ある日のこと…… 所属している「勇者パーティ」のリーダーであり、幼なじみのオリヴァーから 実力不足を理由に追放を言い渡されたオルン・ドゥーラ。 パーティのために【剣士】から【付与術士】へとコンバートし、 独自に開発した魔術で仲間をサポートしてきたオルンにとっては到底、 納得のいくものではなかった。 しかし、苦楽を共にしてきたはずの仲間からも『器用貧乏』だとバカにされ、 すでに後任者も決まっているという。 失意のなか、「勇者パーティ」に別れを告げたオルンは探索者としての決意を新たに、 ソロ活動を始めるのだが……。 抜け落ちた記憶… 理不尽さへと立ち向かう力… 新たなる出会いの数々が、オルンの運命を大きく変える。 大切な仲間を護るため 究極の『器用貧乏』は、最強の『万能者』を目指して突き進む。 大逆転の異世界王道ファンタジーが開幕！
「遠未来における地球人類と異星生物の宇宙戦争」という原作のプロットは踏襲したが、軍事に貢献することで参政権がえられるなどの世界観は、軍国主義的、戦争肯定的なものであり、問題があったといえる。そのためアニメ版ではこのような価値観を薄め、『トップガン』のような「軍隊における青春物語」としての性質が濃い（その意味では翻案作品といえる）。ブエノスアイレスがアレクニドの攻撃（原作では攻撃手段の描写がないが、アニメでは宇宙船に取り付いて侵入したアレクニドが攻撃）によって壊滅し、全面戦争が始まった流れは同じだが、なぜ戦うのかという哲学が語られることはなく、普通の高校生だった主人公が兵士として成長する過程が描かれている。
李天辰事件告一段落后，时光照相馆恢复了表面的平静，然而夏斐失踪的消息再次将众人卷入了命运的交叉点。随着Vein的回归与乔苓超能力的觉醒，程小时和陆光逐步触及到Bahati火灾案的秘密，而程小时的父亲程伟民和母亲邵媛媛似乎也与之有千丝万缕的联系。随着调查深入，来自某个神秘组织的刘枭开始了他的行动，而英都警察Jae的干预也使这场追寻真相的行动充满变数……
