根据去年播出的「时间飞船24」世界观改编，以三恶人为主人公的时间飞船系列作品。三恶人是指本作中的坏蛋三人组，平常的掩饰身份为世界最大的教科书出版社“历史天国社”第14仓库课的成员，分别是毕玛乔（喜多村英梨）、兹夫亚基（平田广明）和铃木（三宅健太）。
光怪陆离的大千世界孕育了各种令人惊奇的物种，一名来道极大世界的世家贵公子踏破重重阻碍，与那些来各大世界的天之骄子争锋，把高高在上的圣人踹倒泥潭，他将见证这个神奇的宇宙，实现这一世成仙的渴望！
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
