神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
故事发生在一个非常炎热的夏天，久坂悠（岸尾大辅 配音）是一名看上去对一切都毫不在意，非常冷漠的男子高中生。某日，一位名叫夜明瑛梦（水树奈奈 配音）的少女出现在了他的面前，而紧随其后对她进行攻击的，是名为魂兽的可怕怪物。 魂兽激发了隐藏在阿悠体内的特殊能力，原来，阿悠是一名魂兽使，能够通过操纵魂兽来获得强大力量，然而，操纵魂兽也要付出相应的代价，在操纵魂兽的同时，阿悠的心灵也会遭到黑暗的侵蚀，如果阿悠的精神来到了濒临崩溃的边界，他将彻底的被魂兽所吞噬，再也恢复不成人类的模样。
