200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。 主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。 一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。 云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。
改编自TYPE-MOON发行的同名手机游戏：描述在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
