北冥国危难在即，少年将军请求出征。此次出征凶险异常，生死未卜，为保家族血脉，出征前祖母为少年娶妻。五年后少年将军凯旋而归。和他同乘一马的白衣女子是谁？
断罪塔的惨剧过后，格里菲斯成功受肉在现世复活，但当格斯亲眼目睹格里菲斯复活时，内心产生了极大的动摇。接着由于这个边境之地产生龟裂，令世界的形态开始崩溃。
在水门都市普利斯提拉的殊死决斗中，昴一行人他们艰难取胜，但代价过于沉重：因“暴食”权能而沉睡不醒的雷姆、被夺走记忆的库珥修、以及失去名字的由里乌斯。为了寻找拯救他们的线索，昴得知了一位被称为“贤者”夏乌拉的存在，据说她能洞察万物，掌握一切知识。接下来的目的地便是贤者居住的“普雷阿迪斯监视塔”——那座矗立于连最强“剑圣”莱因哈鲁特都无法攻略的广袤大沙漠“奥格利亚沙丘”中的绝境之塔。
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 “现实世界”，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢神奇宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。 洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。 从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。 就在这时，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者，他告诉小智等人不可以让骑拉帝纳生气。 正在小智一行在穆玄·葛雷斯蓝多的帮助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰“百万力霸”的谜之青年，杰洛出现了。和洁咪一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过杰洛的追踪。 前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”!
