人类没有了咏唱，就不能使用魔术。 但是，有一个少女，把不可能变成了可能。 利迪尔王国魔术师的巅峰七贤人之一“沉默的魔女”莫妮卡·埃瓦雷特。 是史上第一个创造出无咏唱魔术的年轻天才。 但是…因为极度怕生而怯场的她，和使魔黑猫躲在深山里， 被公式书包围着，静静地埋头于魔术的研究。 在这样的情况下，七贤人的同事“结界的魔术师”路易斯·米莱来访。 路易斯对不知所措的她宣告了一条王命。 那就是——潜入贵族聚集的名校，护卫第二王子的绝密任务……。
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
