世王集齐了世言铠，恢复了往昔的强大力量，他企图违背自然规律，加速进化进程，让“毁灭之力”席卷世界。灵犀令牌被毁，十阶冲破封印在即，黑暗再次降临。为了拯救人类世界和叶罗丽仙境，叶罗丽战士们不畏艰险，勇敢回到了自然之力充沛的远古仙境，向当时正处于力量强盛期的仙子们寻求帮助，与此同时，灵犀阁也开始行动，设法解救被薇夫人控制的伙伴们，并牵制住十阶。面对强大的灾难，人类并没有被打倒，而是选择凭借智慧和勇气，齐心协力应对挑战。人类与仙子们团结起来，一场关于爱与守护的终极决战即将打响!
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
