大千世界，位面交汇，万族林立，群雄荟萃，一位位来自下位面的天之至尊，在这无尽世界，演绎着令人向往的传奇，追求着那主宰之路。无尽火域，炎帝执掌，万火焚苍穹。武境之内，武祖之威，震慑乾坤。西天之殿，百战之皇，战威无可敌。北荒之丘，万墓之地，不死之主镇天地。出生于北灵境九大域之一的牧域的牧尘，自北灵境而出，骑九幽冥雀，闯向了那精彩绝伦的纷纭世界，主宰之路，谁主沉浮？
小仓夫妇19年前约定等孩子满20岁就离婚。完全忘记约定的丈夫小仓涉依旧我行我素地生活，而将此视为郑重承诺并以此为精神支柱的妻子小仓杏，则在日常生活中逐渐动摇。某个暴雨夜，因附近河流即将泛滥，夫妇与其他住户共度一夜，自此他们的日常生活开始悄然改变。
近未来の東京。車は列なり、電車が走り、ひっきりなしに人々が行き交う、何気ない日常の光景が繰り広げられている。街の上空に突如現れる黒い点。その点は見る見る大きさを増していき、街を飲み込んでいく。車も、電車も、そして人々も――。東京は直径数十キロもの黒いドーム、ブラックポイントに覆われた。拡大を止めたブラックポイントの間近。ギリギリ飲み込まれるのを免れたスカイツリーが屹立している。異様な光景を前に呆然としている人々。――と、ブラックポイント中から何かが近づいてくる。いつ果てるとも知れない絶望の中で、人々はブラックポイントより来たりし者を『Zillions of enemy X』、ゼクスと呼んだ―
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
