百变校巴和小朋友开心的火星游学之旅继续展开。他们深入探访火星上的不同人造天穹，感受人类利用火星独特的地理环境与自然景观，积极开发和建设火星的创造性成果。他们参观天空天穹，感受作为地球和火星物资中转站的繁忙；来到未来的火星之肺生机天穹，参与拯救小蓝藻，重建生机天穹的任务；深入海洋天穹，探访在海底生活的各种仿生海洋生物。在他们的冒险中，灰灰哥哥引发各种大大小小的危机。这时，百变校巴变身多种形态，迎难而上，化解危机，让小朋友们火星游学之旅充满欢乐与笑声。
改编自TYPE-MOON发行的同名手机游戏：描述在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
