收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
改编自TYPE-MOON发行的同名手机游戏：描述在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。
