一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。
顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
武林中为名利、为恩怨纷争不息，霹雳门为防止秘密外泄，极力欲寻回霹雳眼。素还真揭穿白骨灵车宇文天的身份而名声大噪，却引来五大门派的杀机。其友谈无欲也藉黄山八珠联的打击，双方各出名人榜斗智。素还真屡次遇到困难危险，皆以其高超的谋略和卓越的武功化解。不料以智慧著称的欧阳世家暗中崛起，收买各大高手为义子，颠覆各大门派，素还真与欧阳世家斗智斗力，最后却因密友一线生倒戈，素还真功亏一篑，向欧阳上智称臣，各门派因此奉欧阳上智为武林至尊。
《高中舰队》新作OVA将于2017年发售！内容是TV版的后日谈。
