ゾイドとは、銀河の彼方に生息する、戦う意思を持った金属生命体である。 惑星が最後を迎え、人類は第二の故郷として地球を目指すが、ゾイド因子の暴走と不慮のタイムワープで、突如、21世紀の地球にゾイドが出現。ゾイドによる破壊と度重なる地殻変動で地球は一度滅びた。 レオは自ら発掘したビーストライガーを相棒に、地球の未来を左右する少女サリーと冒険の旅に出発した。
阿斯特拉金斯历7247年，Kilico和Fiana进入“Called Sleep”睡眠32年后被再度唤醒后发生的故事。
ヤジマ商事の新型バトルシステムのテストパイロットとして、南の島のニールセンラボに招待されたチーム、トライファイターズ。しかし、新型システムの不具合により宿泊施設で待機する事に……。 まるでリゾートの様な宿泊施設に盛り上がるセカイたちの前に現れたのは、同じくテストパイロットとして招待されたシア、ミナト、ギャン子の三人。南の島で再会したライバルたち、そんな彼らを謎の怪事件が待ち受けるのだった…。 トライファイターズ最大のピンチ！！
1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑惑和焦虑也烟消云散，但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面，拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏，利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件，直到他遭遇冷静干练的两仪式（坂本真绫 配音），命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年，失去了未来视能力的瓶仓光瑠（石田彰 配音）转行做了绘本画家，命运安排他和两仪式及其女儿未那（金元寿子 配音）相逢，此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母…… 本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。
第三季的核心主题是“家庭”
