在东京晴空塔底下，世界一流的武术爱好者德川光成设置了一个研究实验室，进行禁忌实验。 实验使用最先进的科学技术，目标是用传奇剑豪宫本武藏的遗骸创造出克隆人，让他在现世复活。 这位强大战士早已赢得所有想像得到的称号与荣誉：究极武士、剑圣、天下无双。如今，他的重生恐怕将撼动现代日本，甚至全世界都会陷入混乱。 准备好见证超越历史的终极大战，刃牙、勇次郎、地下斗技场的高手们，以及所有为战斗而生的人都将卷入其中。
十年前，发生了震撼世界的重大事件“第一次爱之夏”。 兰顿失去了他的父亲阿德洛克，现在已经在边境城镇贝尔福雷斯特参加了塔州联盟军校。 被称赞为英雄的已故父亲。 什么都没有的单调日常。 兰顿身边的一切都很闷。 但在兰顿面前，世界上最古老的LFO尼尔瓦修突然出现。 从驾驶舱出 现的是优莱卡。 兰顿和优莱卡的旅程将在哪里结束？
第三季的核心主题是“家庭”
30年前，未知的“侵略性外来生物”突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为“侵略种”的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧死亡与毁灭的同时，只能对危险和灾难视而不见，麻木地过着日常生活。在这样的世界里，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”为了抵御“侵略种”带来的危机与灾害，开始了行动。故事的开端位于远东的岛国“瑞穗”。一位在离岛上生活、以驱除“侵略种”为业的猎人少女——久濑椎名。她唯一的愿望就是与家中唯一的亲人妹妹刹那平静地生活下去。然而，降临在椎名身上的事件究竟是——？
「遠未来における地球人類と異星生物の宇宙戦争」という原作のプロットは踏襲したが、軍事に貢献することで参政権がえられるなどの世界観は、軍国主義的、戦争肯定的なものであり、問題があったといえる。そのためアニメ版ではこのような価値観を薄め、『トップガン』のような「軍隊における青春物語」としての性質が濃い（その意味では翻案作品といえる）。ブエノスアイレスがアレクニドの攻撃（原作では攻撃手段の描写がないが、アニメでは宇宙船に取り付いて侵入したアレクニドが攻撃）によって壊滅し、全面戦争が始まった流れは同じだが、なぜ戦うのかという哲学が語られることはなく、普通の高校生だった主人公が兵士として成長する過程が描かれている。
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