小仓夫妇19年前约定等孩子满20岁就离婚。完全忘记约定的丈夫小仓涉依旧我行我素地生活，而将此视为郑重承诺并以此为精神支柱的妻子小仓杏，则在日常生活中逐渐动摇。某个暴雨夜，因附近河流即将泛滥，夫妇与其他住户共度一夜，自此他们的日常生活开始悄然改变。
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
