1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。
　　11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

　　真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

　　主人公因一次意外遇到太空女刑警巴迪，巴迪正在为了追捕潜伏于地球的极恶恐怖份子，但因为意外竟然误破坏了主人得身体细胞。后来为救回主角的性命，巴迪只好跟主角只好二心一体，共同生活。在主角跟巴迪在搜捕恐怖份子时，发挥了自我得特色，大大帮了巴迪得大忙，时间长了，主角也开始慢慢习惯了保卫地球得重任，努力于巴迪抵御外星敌人。

　　匹里卡星的政权遭到了独裁将军吉尔莫亚（八名信夫 配音）发动的政变，大总统帕比（潘惠子 配音）被迫从匹里卡星逃了出来，误打误撞中降落到了地球。此时，大雄（小原乃梨子 配音）等人正在拍摄电影《宇宙小战争》，意外发现了逃难的帕比，交谈中得知帕比年仅10岁，而8岁就大学毕业了，大家也了解到了他的遭遇，决定帮助他，并同他成了好朋友。吉尔莫亚军队通过小型侦察机找到帕比的行踪，向大雄等人发起了攻击，他们捉了静香做人质。帕比为了不连累大家，最后向叛军投降了。帕比的爱犬胖胖（三ツ矢雄二 配音）通过自己的嗅觉找了帕比的位置，可惜来玩了一步，正好遇上了哆啦A梦等人，大家计划一要救回静香和帕比，一同向皮力卡星出发了，但在未知的星球里又将会有什么样的冒险等待着他们了……

在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中和同伴一起也成长了很多。因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。一护再次拿起斩魄刀，踏上战场。另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪并且死神们驻守的灵屋・瀞灵廷被贼军袭击。贼军的真实身份是灭却师始祖・友哈巴赫所率领的“无形帝国”。“无形帝国”向死神们宣战。5天后，尸魂界被“无形帝国”歼灭历经千年之久死神们所背负的因缘。那个宿命和隐藏的真相终于被揭开。一切都走向终结。黑崎一护，最后的战斗开始了——

　　这里是空中漂浮着众多岛屿的空之世界。在信奉神秘的岛屿“赛克汀瑟”上生活的少年格兰，以及会说话的羽蜥碧，某天，遇见了谜之美少女——露莉亚。露莉亚，是从企图以强大的军事力量支配这个空之世界的军事国家艾尔斯提帝国那里逃来的。格兰与露莉亚为了逃离帝国，带着格兰的父亲留下的写有“在星之岛伊斯塔鲁西亚等着”的书信，展开了前往壮大天空的旅程。格兰，在赛克汀瑟岛和羽蜥碧一起生活的少年。以失踪了的父亲留下的书信写着的“星之岛，伊斯塔鲁西亚”为目标，平时总是日不间断地锻炼，爱向有困难的人伸出温暖的援手。以跟露莉亚的相遇为契机，离开故乡踏上旅途。露莉亚，拥有驾驭星晶兽的能力的少女。被试图研究这种特殊能力的艾尔斯提帝国幽禁起来。从帝国逃脱过程中被格兰所搭救，和他一起踏上旅途。碧，从格林小时候开始就伴随其左右一起生活，如同搭档般的存在。喜欢吃苹果。讨厌被别人当作蜥蜴和小动物对待。卡塔莉娜·亚莉泽，艾尔斯提帝国的骑士。曾经担任露莉亚的护卫和监视工作，但是知道了帝国是想利用露莉亚来获取强大的力量一事后，向帝国举起了反旗。把露莉亚当作妹妹一样重视。拉卡姆，操纵飞渡天空的飞艇“骑空艇”的精明能干的操舵士。受到过去的事故的打击而拒绝再乘上骑空艇。虽然看似很粗鲁的一个人，实际上是很会照料别人，也有好管闲事的一面。

　　大雄最近一段时间经常被奇怪的梦困扰，接着，他房间中央的榻榻米下面还不断出现响动。某天，榻榻米被撞开，里面跑出一个像兔子一样的生物。它的名字叫恰米，是外星男孩罗布姆的宠物。罗布姆和亲人、朋友生活在名为可亚可亚的星球，这里盛产奇妙的浮游矿石。邪恶的浮游矿石工业公司为了霸占这些矿藏，不惜使用各种卑鄙手段企图将罗布姆这群早期开拓者赶走。罗布姆乘坐的飞船就是遭到浮游矿石工业的袭击，偶然引发错乱和大雄的房间连在了一起。
　　哆啦A梦和大雄修好了罗布姆的飞船，还和可亚可亚星的人民成为好朋友。与此同时，浮游矿石工业继续他们罪恶的计划，善良正直的大雄决心帮助外星朋友守卫他们的家园……