刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开……
　　本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。

　　枪与剑的血色传奇——《GUN×SWORD》，展现哥特式复仇之旅。
　　当邦与新娘还沉浸在婚礼带来的喜悦中时，一场突如其来的意外将邦立刻从天堂打入地狱——心爱的女人被一个拥有钩手的男人暗杀！陷入巨大悲痛的范四处打探消息，一个人开始了漫长的复仇旅程。在一次无意的偶遇中，邦邂逅了正义感十足的少女温蒂。温蒂的开朗个性和灿烂笑容都让范感到惊讶。其实温蒂是为了找回失踪已久的哥哥才踏上旅途的，虽然目的并不相同，但是都对未来毫无线索的两人还是决定结伴同行。开始了在遥远未来的沙漠星球上的无尽旅行……

　　结城頼（森久保祥太郎 配音）和结城郁（中原麻衣 配音）是一对双胞胎兄妹，感情十分要好的两人甚至在童年时期许下了结婚的懵懂诺言。可是，随着年岁的增长，郁发现曾经温柔的頼对自己的态度越来越冷淡，着让她感到十分的疑惑。
　　頼和一直追求自己的女生楠友华（川上伦子 配音）开始了交往，但这更让他感受到对妹妹的无法遏制的感情。同时，哥哥交女朋友的消息也让郁开始逐渐正视起了自己心中的不安和骚动，几经波折，兄妹二人终于相互吐露的心声。然而，这是一段注定要受到斥责和诅咒的爱情，世界如此之大，却也容不下小小的，相爱的两人。在痛苦和绝望之中，兄妹二人会做出怎样的选择呢？

　　2071年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，这就是“赏金猎人”。史派克和杰特是驾驶飞船BEBOP号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲和电脑神童艾德，并收养了拥有高智商的数据狗爱因。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。

　　平静的风吹过美丽的大地——阿斯特莱亚大陆。在大陆的某个角落，失去记忆的少年佑树醒了过来，照顾他的小小指引者可可萝、总是饿肚子的美少女剑士佩可莉姆、有一点冷酷的猫耳魔法少女凯露，在命运的指引下，他们创立了名为“美食殿堂”的公会。现在，佑树和她们的冒险揭幕了。

　　小时候看过夏依妮·莎莉温的魔法表演后，梦想成为魔女的阿科，进入了与莎莉温相同的传统魔女育成名门校“露娜诺娃魔法学校”。
　　新的城镇，新的学校生活，以及新遇到的朋友。魔女学校中的扫帚飞行课程以及充满魔法气息的不可思议的授课等等，在这些只有魔女学校中才有的课程当中，阿科与萝特、苏西等人引发了大骚动！
　　将露娜诺娃卷入其中，阿科成为魔女的第一步就此开始——

　　故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。