海棠家的长男晴从加拿大带来了四子零，海棠零逐渐习惯了和海棠家的兄弟们在同一屋檐下的生活，海棠晴所经营的咖啡店也逐渐步入了正轨。                                    
                               　　到海棠家来访的海棠晴的母亲春子，对海堂四兄弟发表了要将海棠零带回加拿大的宣言。                                    
                               　　越来越有默契的海棠零和海棠晴，面对突如其来的爆炸性宣言，内心又有了复杂的想法，这难道又是纠纷的前兆！？                        

「……我没有名字。一片空无。你叫什么名字？」「我的名字是时崎狂三。」                                    
                               　　失忆少女「空无」在所谓邻界之地清醒，邂逅了时崎狂三。                                    
                               　　她跟着狂三来到一所学校，里面聚集了一群被称为准精灵的少女。                                    
                               　　为了互相厮杀而齐聚一堂的十名少女，以及空空如也的校外人士少女。                                    
                               　　「我是狂三的同伴兼诱饵……诱饵吗！」「是啊，不想当诱饵的话，虏饵也行。」                                    
                               　　「不是一样的意思吗！」这是独树一格的时崎狂三另类故事。                                    
                               　　好了——开始我们的新战争（DATE）吧。                        

　　新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパは，欺骗猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之开了东京湾有了的封印的门。注视了祖先世世代代封印的门的血统的少女鹤姫决定与去除了封印的佐助与才藏，三好入道清海的子孙清海，并且从美国来的见雷也的子孙见雷也的4人一起，同500年前的祖先同样进行妖怪封印。一边经营绉纱衬衣铺，一边持续妖怪封印的旅行。

　　幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。
　　在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。
　　这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。
　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，
　　理树则开始了寻找成员的任务。
　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。
　　和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。
　　经历了许多快乐的事情，
　　同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。
　　最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。
　　——然而，这并不是结束。
　　和来谷唯湖之间的故事。
　　理树与铃的故事。
　　以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。
　　Little Busters真正的物语，自此开始——。