张翠山（吴镇宇 饰）携妻及子张无忌（李连杰 饰）从孤岛出发赶去给其师父贺百岁大寿的途中，被人暗算，张无忌中寒冰掌。在武当山，张翠山和妻子被各大门派逼迫致死，张无忌也不再能练习武功，只能靠张三丰每日所输真气得以残活。张三丰的举动引来宋青书（邹兆龙 饰）的妒忌，他联合了峨眉女弟子周芷若（黎姿 饰）共同对付张无 忌。明教圣女小昭（邱淑贞 饰）令张无忌改变命运，使其先在断崖上遇到高人治好体内寒冰毒、学会九成“九阳神功”，又在明教禁地练得“乾坤大挪移心法”。得知蒙古郡主赵敏（张敏 饰）设计令江湖六大派围攻光明顶想歼灭明教时，张无忌决意为拯救明教赴汤蹈火。

　　四大家族之一的金虎堡堡主在一次押镖途中，被四名蒙面和尚劫杀。叶青花被怀疑与此案有关，游侠雷迅助友洗脱嫌疑，竟卷入奇案，三闯少林找出四名和尚，当众伏法，以为真相大白；岂料，四名和尚又到处杀人，雷迅才知道被人利用，引发连场打斗。

　　追命龙戴天与神刀马辉比武，龙胜出，随即马忧郁而死，马辉之子马腾打到龙欲替父报仇，把龙打成重伤，后龙发现马腾乃是忠义之士却被丞相府时的高手追杀，欲取忠义之士人员手册，龙为掩护马带密册离开，自己与敌人同归于尽，从而保住了密册。

 清道光年间，洋人以做生意为名，大肆向我国倾销鸦片。花旗盗首领郑一为人侠义豪爽，他劫富济贫，在海上专劫洋人阿走私船只，洋人对其又恨又怕。郑一身边的几名勇将七海、郭婆带和张保仔均是他收养的孤儿，郑一不仅将他们养大，还使他们成为武艺高强的男子汉。在一次进攻东印度鸦片船只的战斗中，郑一不幸被害。在郑一的妻子阿晴和七海的支持下，在江湖上已小有名气的张保仔当上了花旗的首领。郭婆带为此心存不满。张保仔率众继承义父遗志，不断打劫洋人船只，开仓卖粮接济穷人，深受百姓拥戴。这一切均被微服私访的两广总督林则徐看在眼里。英国领事向林则徐施加压力，要他剿灭骚扰英“商船”的海盗。林则徐未予理睬。张保仔结识了一位被卖青楼的女子冬潮，对其颇有好感，准备为她赎身。正当他回大本营取钱时，恰遇海上黑旗首领邬石二。邬石二请求花旗与黑旗联合起来对付清政府。在郭婆带的激将下，张保仔与郭一起潜入清水师营行刺林则徐。在水师营，张保仔被林则徐禁烟的爱国之举而感动，放弃了行刺计划。郭婆带以为张保仔投靠了官府，愤而离去。张保仔与冬潮成亲了。深夜，早与洋人勾结在一起的邬石二挑唆郭婆带率人袭击了花旗大本营。张保仔带领众人奋起抵抗，邬石二一伙落荒而逃。海岛上，邬石二企图污辱郭婆带的女友浪里白条，郭婆带一怒之下结果了这个江湖败类。英国人背信弃义，将一万多箱鸦片强运入港。林则徐令全省水师待命，镇守海港。英舰公然向清水师营开炮，眼看海关将被攻破，张保仔毅然率众前来助战，炮火枪弹中冬潮中弹身亡，阿晴亦身负重伤。张保仔愤怒地驱船向敌舰冲去。就在这时，郭婆带与浪里白条也前来支援。张保仔等人冲上敌舰同英军展开了白刃之战。危急时刻，林则徐率援兵赶到，击退了敌舰。庆功会后，张保仔谢绝了林则徐要他加入水师营的提议，重新登上了渔船，他要漂洋过海去实现自己的理想。

　　清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。
　　严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

　　乾隆年间，国泰民安，然此时反清势力也甚为活跃。反清帮会红花会第四把交椅文泰来（邓伟豪 饰）和妻子骆冰（陈琪琪 饰）被朝廷鹰爪困在三道沟，经武当派名宿陆菲青（王戎 饰）的引荐前往名震西北的老英雄周仲英（谷峰 饰）的铁胆庄避难。与此同时，陆菲青的师弟、效力朝廷的张召重（罗烈 饰）尾随而至，以重兵要挟铁胆庄交出文泰来。虽然文藏身暗道，却被张诱骗周仲英年幼的儿子指出文等人的藏身所在。骆冰和余雨同（顾冠忠 饰）侥幸逃出，路遇红花会总舵主陈家洛（狄龙 饰），众人一同返回铁胆庄。与此同时，外出归来的周仲英得知庄内的变故，愤而打死自己的儿子。经过一番拚斗，铁胆庄与红花会消除误会，冰释前嫌，周亦带着女儿随红花会同行营救文泰来……
　　本片根据武侠小说作家金庸的同名原著改编。