继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。

　　游一桥（郑少秋 饰）是桌球界当之无愧的天王，然而，某一日，他却突然宣布隐退，然而，游一桥内心里对桌球的热情却没有半点减少。父亲的决定令同样热爱桌球的女儿游加勒（周丽淇 饰）深感不解。一天，游一桥遇见了名为靳子谦（邓健泓 饰）的男子，发现了他身上潜藏的卓越天赋，遂收他为徒，游加勒则顺水推舟的成为了靳子谦的师姐。
　　靳子谦暗中爱慕着游加勒，但游加勒的芳心早已经属于雷建冲（郭政鸿 饰）。雷建冲是父亲最强劲的对手，他为人阴险狡诈，为了谋取利益不择手段。在雷建冲的挑拨之下，游一桥和靳子谦之前产生了误会爆发了矛盾，他们决定靠桌球来一决胜负。

　　故事发生在三十年代的中国，日军的侵略让这片广袤的土地伤痕累累。张寄生（胡杏儿 饰）本是一位平凡的女子，和丈夫周细鸡（萧正楠 饰）新婚燕尔正准备享受幸福的生活。哪知道有朝一日，她竟然眼睁睁的看着亲人和爱人死在了敌人的手中，自己虽然偷生但惨遭侮辱。失去了一切生无可恋的张寄生想到了自我了断，却被游击队队长江尚红（黎耀祥 饰）救下。
　　在如此动乱的年代，张寄生和江尚红之间产生了真挚的感情，可是张寄生无法忘记仇恨，江尚红更是有着一段灰暗的过去，这段感情对于他们两人来说有着无法承受的重量。在江尚红的推荐下，张寄生加入了共产党，化身粤剧花旦“水芙蓉”，暗中套取敌方情报，立下了屡屡战功。

　　戚俊（孙兴饰）为一英勇消防员，十年前在一场救火行动中不幸丧生。戚俊之子戚耀辉（林祖辉饰）、戚耀勇立志继承父业，报考消防学校。
　　戚耀辉在校表现优异，并与同期同学江健华（吕颂贤饰）竞争最高荣誉「金斧头奖」。
　　江健华生父为黑帮老大洪永贵（罗烈饰），复杂的家庭背景使得江健华个性 好强要胜，
　　冲动不群。在讲求纪律秩序的消防学校裏，屡与总教官张风起冲突。戚耀辉与江健华从
　　最初的互相敌视，渐成患难与共的好友。毕业后，两人与同期同学胡志坚（尹天照饰）
　　及学校总教官张峰 （潘志文饰）分发至同一单位服务。
　　戚耀勇在校成绩不佳，未能毕业，并於一场意外中成残，导致精神分裂，最后更成纵火
　　犯，被判坐牢。
　　戚耀辉原与胡志坚之妹阿娟（杨玉梅饰）青梅竹马，论及婚嫁，后因女警官欧芷琴（翁
　　虹饰）的介入，形成三角恋情。
　　江健华无意中得知生父竟为十年前纵火案的元凶，对戚耀辉内疚不已，於救火行动中置
　　生死於不顾，张风情急之下，方才透露十年前戚俊的真正死因。在戚耀辉与欧芷琴感情
　　渐趋稳定之后，竟又发现欧父（刘丹饰）才是纵火案的幕后主谋人，使得这段感情再掀
　　波澜，到底欧芷琴面对亲情、爱情、与公义，她该如何抉择。

　　方有为（林家栋 饰）家中世代经营茶园，自己亦以此为业。在方有为的心中，一直思念着初恋情人苏曼乔（杨婉仪 饰），与此同时，伴在身旁的山地姑娘盘妹雅（张可颐 饰）亦让他心动不已，旧爱新欢，一时间方有为不知该如何取舍。
　　钟汉牛（麦长青 饰）是方有为的死党，方有为知道他一直喜欢着盘妹雅，因此将自己对妹雅的感情深藏在心底，反过头来帮助钟汉牛追求妹雅。钟汉牛傻傻以为自己已经博得了妹雅的欢心，准备迎娶妹雅，哪知道高傲不羁的妹雅在结婚当日成为了落跑新娘，并且大胆的坦白了自己对于方有为的感情，致使方有为和钟汉牛兄弟反目。就在方有为和妹雅历尽千难万险最终走到一起之时，苏曼乔的出现让两人的感情再现波澜。

　　七○年代，叱咤一时的黑帮枭雄雷坤唯恐运势将去，遂派心腹韦俊武、蒋光正<刘丹>及刘旺达<王青>前往请教术算家玄机子，玄在胁迫下透露坤大势将去，将被亲信所杀，而接任之人亦将会被挚友后人取代，潦倒而死。武、达、正三人决定隐满此预言，不料达酒后失言，坤为怕预言应验欲赶尽杀绝，武不想累及无辜，将遗腹子托付达，独自向坤承担叛徒之名，武被杀，正为求自保将坤杀之，顺应预言登上龙头之位。正接掌大权后，唯恐预言应...(阅读全文)验，欲杀武之子，达为报恩拼命相救，在纠缠间将婴孩掉落海中，幸跌在艇蓬上被赖淑娴发现收养，而正则将达驱逐香港。其后，正顺利成为全港五大富豪、十大地产商，并笃信风水命理，对术算师秦宝剑唯命是从。
　　经娴照顾长大的婴孩改名郑浩然<何宝生>，有妹芷珊与女友欧咏诗<麦家琪>。在温馨气氛下成长的浩，对上代恩怨一无所知。浩自幼好研究风水术数，欲追求更深了解，而拜剑为师，时剑大弟子方景希代师授徒，浩以科学角度批判，令希屡次无法下台，结成宿怨。而后浩转拜科学家曹学威门下，以计算机分析研究风水命理。
　　浩在舅父赖天远介绍下认识达，原来达自从与正反目后，即以看风水餬口。达察觉浩桃花有劫，替浩改风水，阴错阳差反令浩与诗分手。原来与浩对立的希，故意以桃花局令两人分手，自己则乘虚而入，不知实情的达对此愧疚不已。达偶然替浩摸骨，赫然发现浩就是寻找多年的故人之子。而此时，正在玄机子预言阴影下，亦借助剑的术数寻找武之子，达设计引开剑与正的注意，更让正以为武子已死。
　　正既认为克己之人已死，将诸多不顺归于流年不利，机缘下浩救正，正为挡煞招聘浩进公司，运势果然转佳，后正更对浩的工作能力另眼相看，与浩建立了忘年情谊。浩亦与正女蒋敏华<傅明宪>发展出真挚情感。华本为威之助教，因无法接受正与助养女孩夏雪玲<莫可欣>的忘年之恋，忿而离家与友诗同住，华虽发觉浩即梦中屡次所见真命天子，但碍于浩为诗男友，将感情暗藏，待诗、浩分手后，才与浩有近一步发展。
　　雪见正父女情感因此而破裂计划离开正，偶于赌场结识天，天为雪所吸引，虽知其为人情妇仍难以忘情，誓言从正手中夺得雪。浩处于正、天之间，两难之际，发现身世秘密，在华鼓励下正视面对，亦希望化解上代恩怨。未料，正恐预言应验，不惜借助邪门风水术，欲将浩逼入绝境，不惜反扑的浩是否真会应验玄机子所言？被宿命安排可享富贵，却难得姻缘的浩，是否又能战胜命运，与华终成眷属？一场与宿命的战争，究竟是命运制人，还是人定胜天？

　　家财万贯的苏保，虽然为人乐善好施，可偏偏养了一个不争气的儿子苏灿，源于未发家前的苏保听信道士的预言，说苏保即将出世的儿子乃天生异秉……

　　乾隆年间红花会崛起企图推翻满清统治红花会总航主于万亭偷入禁宫告以乾隆（郑少秋）本乃汉人之身世乾隆为安全计杀于灭口于之义子陈家洛乃乾隆胞弟于死后接任为总舵主继承反清复汉大业陈得悉乾隆出游江南乃与文泰来（朱江）、骆冰（李司祺）余鱼同（夏雨）等十四当家齐赴杭州得用名妓玉如意（狄波拉）之美色引乾隆至六和塔痛陈利害逼乾隆与红花会合作共谋反清陈回疆认识霍青桐二人暗生情愫后因李浣芷（黄淑仪）女扮男装与桐态度亲密陈误以为枫叶心有所属失意万分陈替乾隆取回身世证物之时遇香香公主两人一见钟情互订终生后得悉香乃桐之妹又得知误会了枫叶因苦不已乾隆因迷恋者派张召重（石坚）掳香入宫逼为妃妾时陈已取证物回嘱乾隆遵守诺言乾隆因受制于太后复知香对陈痴心乃背信弃盟设宴雍和宫欲将红花会一网打尽结果如何剧中自有分晓。