Neolution组织正在将科学的界限推往遥远未知的边界，但其代价会是什么呢？神秘人P T Westmorland是这一切的关键，可能已经170 岁的他即将将他的项目带入险恶的结局。对于Sarah和她的姐妹们来说，这是一场毁灭的开始，并且不仅仅是对她们，而是针对整个人类的未来。她们最终能否揭开这个毒瘤的核心秘密？

　　随着上一季的结束，Castor克隆人不再构成威胁，克隆人姐妹们的生活似乎可以回归平静，但孕育于过往的险境出现了：一个名为Neolution的组织一直在牵动Leda、Castor、Dyad 和 Topside的命运。在离开冰岛安全屋后，Sarah遇到了神秘的新盟友，而这个人与这一切的开端有着密不可分的联系——Beth Childs。在黑客 Dizzy 的帮助下，Sarah不得不跟随 Beth的脚步，慢慢走向强大的新敌人。Sarah的家人安全受到威胁，她承受着巨大的压力，与此同时，克隆人姐妹们正在被分开推往不同的方向。为了在这次考验中幸存下来，她们必须比此前任何时候都更团结一致。

　　好不容易聚在一起的克隆人姐妹面临新的威胁。
　　正当Sarah和同伴们开始拼凑阴暗的Dyad研究所背后的复杂阴谋时，她们发现了“Castor计划”。这是一个绝密军事项目，正在制造训练有素的男性克隆人。在无情的Coady 博士的监视下，“Castor计划”的克隆人每一个都是专注且致命的士兵。但是，是谁创造了他们，更重要的是，为什么目的而创造？ Sarah的乌克兰双胞胎Helena在Castor牢房中苦苦挣扎，感觉自己被刚刚和解的家人抛弃。与此同时，Alison开始了一项利润丰厚但却险恶的新业务，而Cosima发现了合成序列的关键，可以让所有人都得救……

　　在第一季中，“黑色孤儿”Sarah在目击一次自杀时，偶然知道了自己的真实身份——她是一项前无古人的遗传学实验的成果，世界上还有很多和她一样的人。第二季，Sarah开始在一场绝命比赛中寻找失踪的女儿Kira。她的“焦土战术”引发了与支持克隆人的Rachel之间的对抗，这对所有和她一样的人来讲岌岌可危。一个精心打造的世界即将失控，Cosima的遗传病威胁着所有人。Sarah必须在极其危险的环境中与她的敌人谈判，以追查实验室的真相。随着Sarah更加了解自己的过去，新的神秘人出现了，但他们可以彼此信任吗？这个世界上，有无情的新玩家，正在争夺Sarah的命运操控权。

　　流浪的孤儿Sarah（塔提阿娜·玛斯拉尼 Tatiana Maslany 饰）目睹一个女人自杀，因为与死者长的极为相似，遂决定假冒死者的身份领取一笔数目可观的存款。然而Sarah万万没有想到，自己竟然闯进了一个危险的谜局。在“扮演”死者的同时，Sarah发现了一个惊人的事实：她和自杀的女人其实都是克隆人，而且这批克隆人不止她们两个。不法组织为了达到不可告人的目的，创造了一批克隆的胚胎并将她们植入毫不知情的普通夫妻体内，让她们在不同的环境中出生、成长。没有人知道是谁创造了这些克隆人，也没有人知道他们的最终目的。这些克隆人必须尽快查明真相，否则一切都晚了，因为一个刺客正在将她们一个一个暗杀。