地球所存在的海姆冥界森林威胁解除过后，从过去争斗的漩涡中获得黄金果实而成为“起始之男”的葛叶纮汰 / 假面骑士铠武，与“起始之女”高司舞在遥远的新生星球中共同生活。某天，谜之机械生命体却突然来袭及将舞拐走，以强横的实力令铠武陷入劣势并读取其的记忆，从中得知地球的存在后利用空间转移开始展开侵略。
淡幽，是最早虫师家族之一的后裔，继承了禁忌之虫，以至于一只脚不能活动。 隈罗，药袋家族的后裔，幼年不具有看到虫的能力，为了应对禁忌之虫，被长期置于荆棘之路的出口，导致“灵魂”被核食虫所食，失去“灵魂”的他，被灌入了人造虫代替自己的“灵魂”，每次使用人造虫后会变成一局空壳，需要重新灌入人造虫才能“复活”，但会失去人的感情。
某一日，被称为“巨人”的体型格外巨大的怪物入侵了人类的世界，他们的破坏力是如此的巨大，以至于人来在极短的时间里便失去了大片的土地。为了保护最后的生存家园，人类建造起了高墙，犹如被圈养般的生活在极有限的空间中，生活在无止尽的恐惧之中，这样一过就是一百年。 艾伦（梶裕贵 配音）、三笠（石川由衣 饰）和阿尼（嶋村侑 饰）是生活在高墙之后的孩子们，艾伦痛恨调查兵团日渐懒散的作风，认为巨人有朝一日一定会向人类发起更猛烈的进攻。不幸的是，艾伦的预言实现了，超大型的巨人打破了墙壁，在人类最后的净土中肆虐。灾难过后，幸存的艾伦一行人加入了调查兵团，艾伦和三笠更是发誓要为死去的母亲报仇
