五百年前，龙（王力宏 配音）突然失踪了，凤（章子怡 配音）暂时顶替龙的职位，玉帝下旨，若三天内找不到龙，生肖就要重选。生肖官们集体出动寻找龙，发现人间女孩小珍竟然握有一枚龙鳞，可能是找到龙的关键线索。对生肖岗位蠢蠢欲动的蟑螂暗中破坏，寻找龙的旅途上充满艰难险阻，个性迥异的生肖官们共同承担，欢乐以对。为了保住世界安稳和挽救面临破裂的家庭，小珍和生肖动物一起，展开了一段奇妙而又温暖的冒险之旅，最终凭借着智慧与勇气，找到了失踪的龙，恢复了十二生肖建立的天地秩序。本片讲述了龙神秘失踪，十一生肖官凭借一丝线索寻找龙，以阻止生肖重选天下大乱的冒险故事。

　　话说玉皇大帝安排唐僧师徒整理天庭档案后。搞得整个天庭鸡飞狗跳，玉帝被众神仙堵在了凌霄宝殿门口。众仙情绪激动，以不成功便成仁的誓死精神逼迫玉帝撤职查办师徒四人，还要登报道歉，摆酒赔钱。虽然玉帝也早就后悔死了，但毕竟人家是如来佛祖的关系户，而且天庭档案管理的工作又是自己安排的，现在开除他们好像也有点自抽耳光，思量再三，决定祸水要流外人田，让这几个狗血的家伙到自己的远房表哥宙斯和堂兄奥丁那里去。

　　神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。