故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

　　峰倉かずや原作によるハードボイルドアクションのOVA下巻。出雲会に拉致された時任は、度重なる脅しにも口を割らずにいた。時任の行方を追う久保田は、横浜湾に停留する出雲会所有のタンカーを突き止めるが…。

　　随原作漫画第15卷DVD限定版发售。
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　　原作铃木央
　　导演冈村天斋
　　编剧菅正太郎
　　人物设定佐佐木启悟
　　音乐泽野弘之、和田貴史
　　动画制作 A-1 Pictures

　　2069年，超智能电脑利用合成体僵傀控制世界，遭到人类的抵抗，为了统治世界并管理人类，超智能电脑派遣无间妖与众僵傀回到2016年，收集人类的精神信息码，提供给超智能电脑。被夺走精神信息码的人，变得毫无情感，如行尸走肉一般，人类社会惨遭涂炭。受害者苏筱筱失去记忆，流浪在城市中。充满热情、相信只要通过努力定会成功的信一，决心帮助苏筱筱找回记忆。寻找记忆过程中，他们不断受到僵傀的袭击。信一得到捕将铠甲系统，在好友志凯等人的帮助下，信一合体为捕将铠甲，痛击僵傀。在危急时刻，又出现神秘的捕将铠甲帮助信一。线索显示，原来僵傀和霸王集团有着千丝万缕的关系，苏筱筱的身世也指向霸王集团。信一面对诸多邪恶力量，一直坚持正义的信念，燃烧不尽的热情，最终消灭了整个邪恶势力，破解了重大的阴谋

　　近日里，大雄（大原惠 配音）迷上了一部名为《银河防卫队》的电视剧，剧中英雄们对抗邪恶势力的英勇形象在大雄的脑海里留下了深深的印记，希望自己有朝一日也能够如同这些英雄般惩恶扬善。
　　某日，大雄来到小夫（关智一 配音）家，发现他竟然弄来了剧中英雄的戏服，还找来了摄影机，打算同胖虎（木村昂 配音）、静香（嘉数由美 配音）一起拍摄属于他们自己的英雄电视剧，然而，让他们没有想到的是，他们玩得不亦乐乎的景象，竟然被一只名为艾伦（井上麻里奈 配音）的外星人尽收眼底，艾伦的所居住的星球遭到了宇宙海盗的侵略，来到地球搬救兵的他，将拯救母星的期望，托付在了眼前这些仿佛能够呼风唤雨的“英雄”们身上。

　　这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
　　于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。