15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパは，欺骗猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之开了东京湾有了的封印的门。注视了祖先世世代代封印的门的血统的少女鹤姫决定与去除了封印的佐助与才藏，三好入道清海的子孙清海，并且从美国来的见雷也的子孙见雷也的4人一起，同500年前的祖先同样进行妖怪封印。一边经营绉纱衬衣铺，一边持续妖怪封印的旅行。
别名“黑龙”的秘密组织铁甲龙一直暗中进行着统治世界的邪恶计划，他们所研发的巨大铁人兵团所向披靡，领头的八卦中更是实力强大。但在十五年前，作为叛徒的木原正树盗走了铁人的重要部件，秘密来到日本，由此诞生了全新的铁人志雷马。普通青年秋津正人（关俊彦 配音）和美丽少女冰室美久（本多知惠子 配音）被志雷马选为志雷马的双驾驶。虽然不明就里，但正人还是被迫充当起救世主的角色。另一方面，铁甲龙的最高统治者幽罗（庄真由美 配音）锁定了志雷马的位置，于是派出手下的精兵强将前往日本。围绕着神秘的冥王计划，铁甲机器人的状绝之战相继拉开帷幕…… 本片根据ちみもりを的同名漫画改编。
