宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。
　　RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯Capital Tower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的Photon Battery，故被视为是圣地。
　　其守护组织Capital Guard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MS G-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。
　　然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。
　　不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。
　　宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。

　　2095年10月31日。
　　未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。
　　自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始，
　　世界因新的战略级魔法师登场而震撼。
　　其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感，
　　为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。
　　约两个月后的12月24日。
　　就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际，
　　达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。
　　雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的，
　　是和她同龄的女孩子。
　　与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。
　　她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。
　　她身为STARS历代最年轻的总队长，
　　是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。

　　人称「红色彗星」的吉翁公国军王牌驾驶员夏亚·阿兹纳布尔，以及他的妹妹塞拉·玛斯。以决定两人命运的悲剧之始为背景，掌握Side3实权并统率公国的扎比家，兰巴·拉尔与黑色三连星等在「一年战争」中活跃的吉翁军名将们年轻时的勇姿，改变战况的人型机动兵器「机动战士」的开发秘闻，与地球联邦军之间的摩擦以及开战经过……等等这些「一年战争」以前的故事，初次以影像形式展现出来。

　　C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......

 达尔文星球的晴天霹雳解封曾企图占领地球的恐龙三人组，组成超甲恐龙队，从赤道的热带雨林开始冰冻地球。护卫队收到总部指示，阻止超甲恐龙队。关键时刻，队员流星又遇到了困境，这次他能拯救同伴，保护地球吗？