故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。

　　西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。
　　与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择……

　　“超”音速的索尼克（本·施瓦茨 Ben Schwartz 配音）与“超”呆萌的塔尔斯（科琳·欧肖内希 Colleen O'Shaughnessey 配音）和“超”强壮的纳克鲁斯（伊德里斯·艾尔巴 Idris Elba 配音），三人小队再次踏上欢乐冒险！这一次他们将面对前所未有的劲敌——夏特（基努·里维斯 Keanu Reeves 配音），然而索尼克小队与强大的夏特实力相差悬殊，为了解决这个棘手的神秘敌人，索尼克找到了老对手蛋头博士（金·凯瑞 Jim Carrey 饰）联手阻止夏特，关于夏特的秘密也逐渐浮出水面，这场危机背后还有更狡猾的黑手。索尼克小队能否团结一致击败夏特并拯救世界？

　　这个星球被DS（达摩克里斯）科技军队占领，强AI（人工智能系统）是这个军队的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测未来）的马三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。疯狗镇的主人（“神父”莫比）乘火箭逃离殖民星球，疯狗镇的众人即将被火箭烈焰活活烧死，马三为救众人连接了AI天眼卫星，成功阻止神父并和众人逃出了疯狗镇，这一举动暗示马三可能来自DS，马三也开始对既视感的来源产生怀疑？ 众人来到被一群末世难民占领的废弃驿站，这里的首领封子昂认出马三，称呼他为长官，随即自愿帮助马三找回记忆，但殊不知，这只是一场阴谋的前奏……

　　《末世觉醒之入侵》讲述了人类与AI智能之间残酷的生存战争，关注末世这种极端环境下的人性真相。在未来科技为王的时代，人类败给觉醒的人工智能强AI，被实验失败产生的“意识消失者”感染。少数幸存者在世界角落苟活，争夺灾变前遗留的生存物资。地球一片荒芜，马三等人为了生存走上反抗道路，却卷入人类内部的利益斗争。故事围绕能源争夺展开，突出种族利益纷争，跨越时空维度，描绘出一幅反乌托邦的现实主义画卷。

　　索尼克在绿丘镇安顿下来之后，就急着要证明自己有能力成为一名真正的英雄。当蛋头博士带着全新的搭档纳克鲁斯，又回来寻找一块力量强大足以毁灭人类文明的翡翠的时候，他就面对了另一个严峻的考验。这次索尼克和他自己的跟班塔尔斯携手合作，一起踏上一场环游世界的冒险旅程，希望能在那块翡翠落入坏人手中之前先找到它。

　　15 year old Ben Tennyson must utilize the Omnitrix yet again in order to locate his missing Grandpa Max, along with his cousin Gwen and former enemy Kevin 11.

　　As the team checks on possible alien activity, they're stopped by a Plumber Magister who accuses them of impersonating Plumbers and orders them not to fight any more aliens until the situation can be sorted out... in a few months. Meanwhile, Darkstar emerges, a new villain who allies himself with the DNAliens to go after Ben and the others.

　　Vilgax has beaten the heroes of ten planets and taken their powers as his own. Now he's looking for Ben.

　　The team's camping break is interrupted when a pod crashes nearby. The occupant has no memory who she is or where she came from. Sunder soon arrives to retrieve her.