在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。

　　ネオ・トーキョー・シティーのベイエリアに世界最高の高さを誇る「ネオ・トーキョー・タワー」が完成した。大展望室では落成セレモニーが行われ、また地上では見物客で賑わうパレードが繰り広げられていた。そんな賑わいの中、突如として羽虫型爆弾メカが大量に現れ人々を襲い始め、同時にテロ集団「暁の陽炎」が現れて、知事を含むパーティー客たちを人質に展望室に立てこもった。彼らの要求、「服役中の同志の解放」「活動資金」「逃走用VTOL」が満たされなければ人質の命はない。タイムリミットはたったの2時間。ポリスタウンの長官はマキに≪WARRIOR≫の出動を要請する。利緒、真弥、ユージ、リリカ、ナンベルのメンバーは現場へ向かうが、一方で人質の中に紛れ込む謎の女「ルビー」は、騒動を利用して密かに「計画」を進めていた。

　　两位生活在正在进行迁都计划的巴鲁海特帝国的青年——努力从事运输工作有点胆小的伊努玛尔，帝国的新手士兵不懂人情世故的雷欧卡迪欧。一人想着重要的妹妹，一人想着作为士兵的前途，就这样在帝都生活着的日常。与此同时，过去将世界大多数生物消灭、给世界带来凶暴魔物的灾祸“光”将再度降临的预言出现在帝国中，帝国上下人心惶惶。在此之中，以某次密输事件为契机，伊努玛尔与雷欧卡迪欧的命运，以及帝国的历史都将发生激变。

　　在蔚蓝得令人心伤的那天，刚刚因《宛如青空》得到世人认可的井上心叶（入野自由 配音），伊人自屋顶飞身跃下的那一幕永远留在他的心中，滴血不止。许多年前，小学时代的心叶（斋藤千和 配音）结识了一个颇有些怪异的女孩子——朝仓美羽（平野绫 配音）。美羽出身于破裂的家庭，父母争吵打架，小女孩的心头过早蒙上阴影。她在文学世界中寻找瑰丽梦想，却被同学看作谎话精加以疏远。独来独往的每一天，只有心叶愿意靠近她，倾听美羽剽窃自他人的“原创”故事。无论表面多么快乐，美羽内心的黑暗始终未曾驱除，这似乎注定了那天的悲剧……
　　本片根据野村美月的同名轻小说原作改编。

　　东京铁塔上，三个不相识的女孩在一道强光下，突然掉在半空中。名为古列夫的魔导师告诉女孩们说，只有成为魔法骑士拯救锡菲罗，她们才能回到原来的世界……
　　锡菲罗是个是一个充满意志力的世界，“意志力”可突破一切的限制。锡菲罗的世界架于一个所谓“支柱”结构上，在支柱“艾美诺公主”祈祷下，世界一片祥和……
　　她们在任务之中遇到了相当多的敌人和磨难，也使她们三人的感情越来越好……
　　但真正的内幕是……

4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。