该剧改编自著名作家刘斯奋获得茅盾文学奖一等奖的同名长篇历史小说《白门柳》原著。
　　该剧以明朝灭亡、清军入关这一改朝换代的历史巨变为背景，通过秦淮名妓柳如是与江南名士钱牧斋的一段传奇姻缘，柳如是一心想辅佐丈夫报效国家，怎奈明末朝廷腐败，丈夫与自己的志向又有分歧，于是跳河自杀，未遂，丈夫死后，又起了遗产之争，于是再次上吊自杀，非常悲情。以此带出当时“复社”一批知识分子在国破家亡、山河破碎之际的坎坷遭遇及悲惨命运，同时细腻展现了江南的风物人文，堪称为一幅末世的《清明上河图》。其中既有政治场中严酷的正邪之战、社党内部的恩怨纷争，又有秦淮两岸男女在乱世中的感情纠葛，交织成一曲波澜壮阔、悲风四起的末世挽歌，具有极强的历史穿透力和艺术感染力。
　　崇祯十五年，皇帝罢相，另选首辅大臣，江南名士钱牧斋的呼声最高。钱本已厌倦官场争斗，可是当他与才情横溢，心高气傲的名妓柳如是一见钝情，并大胆将她迎娶进门后，为了柳，为了[复社]众人对他的期望，更为了在这危亡之际为国效力，他又开始为复出的事积极奔走。可是他复出的希望很快就断绝了，反而陷到[买官]的纠葛中。闯军攻破北京，明朝灭亡，为拥立新君一事，钱差点惹上杀身之祸，幸专柳替他多方奔走才保住性命后来福王称帝，钱意外地被起用，任礼部尚书，可是却沦落到为荒淫无耻的皇上选美女，找淫药……清军节节进逼，皇上等人弃城逃跑，让钱留守，钱为免城中生灵涂炭，不得不献城降敌，归顺大清。这是钱牧斋的悲剧，也是以他为首的知识分子的悲剧，他们空有满腹经纶，看到的是荒淫的皇上，腐败的朝廷，他尽管有复明之心，却没有复明之路，眼看着无可奈何花落去，代之而起的是生气勃勃的大清帝国……

　　张君宝（张卫健 饰）自小就被送到送往清风观跟随无尘和尚生活，一次机缘巧合之下，世外高人圣僧收了他为徒，他从圣僧那里习得了与自然万物沟通的本领。君宝随后偶遇了药王谷的弟子冰心，两人成了好友。冰心一直在追求自己的梦中情人——名剑山庄的二公子易天行（苏有朋 饰），但最后易天行却悔婚出走了。
　　当时著名抗金英雄岳飞遭奸相秦桧陷害，被当今皇上用十二道金牌召回。各路武林豪杰看不过眼，相约在黑风镇推举盟主共同前往营救岳飞，君宝也混在武林人士中间。随后，君宝和刁蛮女侠秦思容（李冰冰 饰）、新推举的武林盟主名剑山庄的大公子易继风一起对付前来搞局的西域蛇魔放出的大蛇，正当情况危机之时，易天行出现救了三人一命。
　　随后，奸臣张启礁派人在路上假扮金兵欲杀害岳飞，岳飞背后中箭，危急关头，君宝及时出现解救了岳飞。岳飞在被禁军押回朝廷前，将一包东西交给了君宝，请他转交给飞龙将军。正是这包东西，江湖中人和奸相秦桧都想得之而后快，于是君宝成了众矢之的！

　　众人皆知移花宫宫主邀月（于莉 饰）美若天仙但心狠手辣，但宫女月奴（萧蔷 饰）却偏偏要挑战她的底线。她本以为和江枫（陈俊生 饰）私奔最惨不过是一死，但没想到，她那两个刚刚出生的婴儿却得到了比死亡还要悲惨的将来。邀月抱走了其中的一个取名为花无缺（苏有朋 饰），将另一个留给了江枫的结拜兄弟，名震江湖的大侠燕南天（林瑞阳 饰），她要让这两兄弟在不知情的情况下成为仇人，骨肉相残。燕南天查出义弟之死实为遭人陷害，愤怒的他一路追到恶人谷，却中了恶人们的埋伏武功尽失。恶人们收养了燕南天带来的婴孩，取名小鱼儿（林志颖 饰）。
　　二十年之后，小鱼儿离开恶人谷进入了险恶的江湖，在与温柔可人的铁心兰（陈德容 饰）互生情愫之后又遇见了泼辣的张菁（李绮红 饰），而此时的花无缺也成为了一名武功高强的翩翩美少年，离开移花宫的他目标只有一个，那就是杀掉“仇人”小鱼儿。

　　晚清年间，一位惨遭陷害被流放的读书人，以死谋生，在夹缝中凭借自己的智慧借势谋局，以行商入场，以票号立足，以茶发家，以盐立业，以粮济万民，与各商帮交手对抗，涉及晋商、徽商、京商、盐商、漕帮、洋商，用他的玩法打造新的商业帝国，最后更联手中国几大商帮共同对抗洋商，挽救国家经济命脉。

　　被冠以弑父罪名流放荒原的公主凤漓，七年后以妖君之名重归墨城。她在姨母孟妩操控的雀楼盛宴中，选中了身份成谜的东篱遗孤云湛。一场表面荒淫的选奴戏码，实则是凤漓对各方势力的血腥清洗。云湛以雀奴身份步步逼近，既是刺杀目标，亦是故人重逢，两人竟是幼时在荒原相依为命的患难之交。凤漓借疯批人设暗中追查弑父真相，云湛假意臣服伺机报仇复国，却在虚情假意的耳鬓厮磨间深陷情网。当凤漓发现云湛腰间烙印认出故人，当云湛目睹她呕血仍含笑饮毒，伪装尽碎。姨母孟妩的傀儡阴谋，西岐少主的和亲棋局，东篱旧部的复仇烈焰，皆在女君大婚之日引爆。终凤漓手持虎符踏碎阴谋，云湛为她背离复国大业，两个从地狱爬出的灵魂，在血色王座上相拥。

　　最好的猎人往往以猎物形象出现，侍衣官成歌（林柒予 饰）为完成刺杀皇帝时钰（蒙恩 饰）的任务，躬身入局，进宫成为时钰的贴身侍衣官。刺杀过程中卷入朝堂权力斗争，牵连前朝不堪往事，是进是退，如何抉择？

王允与凝云，本是一对情侣，可是因为一场战役，王允身死，凝云进宫为后，用宫中秘术法复活王允，而后开始了一段悲伤的爱情故事！

招摇山灰眸少女步念因体质特殊被招摇山神女保护。她救下重伤失忆的将军薛弈扬并相爱。但最终为治愈薛奕杨，步念向神女许下宏愿，代价是薛奕杨要离开招摇山。步念下山寻夫，找到失忆的薛弈扬，却被他当作眼线冷落。她默默照料，两人重燃爱意。薛弈扬奉命平乱，步念预知其险，女扮男装随军，屡用预知能力助他，却遭反噬。凯旋后，薛复掳走步念欲利用其力。当夜薛弈扬恢复全部记忆，决心补偿，救出步念。但薛复因失败迁怒，率兵火攻招摇山。神女为让步念活命，逼薛弈扬立誓爱她。然而族人危难触发步念血脉传承，她实为守护族人而生。面对薛弈扬的阻拦，步念忍痛再次抹去他的记忆，化身迷谷灵树，指引族人脱险，自身则与山同存。

　　为了争夺名震江湖的《连城诀》，同门师兄弟戚长发（于东江 饰）和万震山（杜志国 饰）之间展开了激烈的交战，并将狄云（吴樾 饰）和其恋人戚芳（何美钿 饰）卷入其中。在万震山的设计之下，狄云含冤入狱，而戚芳则含恨嫁给了万震山之子万圭（钱泳辰 饰）。
　　狄云在狱中结识了大侠丁典（王海地 饰），两人结为莫逆之交。之后，狄云越狱，在机缘巧合之下练就神功，名震江湖。为了报仇雪恨，狄云找到了万震山和万圭，将他们封入墙中，哪知道善良的戚芳心软放出了万圭，却反而死在了丈夫手下。狄云陷入了绝望之中，幸得水笙（舒畅 饰）一路照拂安慰，两人之间渐渐产生了真挚的情谊。