数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，
　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个
　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。
　　两国之间的抗争持续了150年，
　　以无边无际的广袤银河为舞台，
　　重复着无止境的战斗。
　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，
　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治
　　侵蚀着两个国家。
　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。
　　“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，
　　以及人称“不败的魔术师”的杨威利。
　　两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

　　在德川幕府时代，日本幕府统治开始走向没落，对农民的压迫也空前惨烈，其时又有西方宗教传入日本，忍无可忍之下，暴发了农民起义，许多天主教农民揭竿而起反对幕府的统治，史称“岛原之乱”，轰动了整个日本，大大地冲击了当时的当权者。
　　当时的起义在1638年暴发，以妖异少年天草四郎为首的天主教徒，聚集农民和天主教徒三万七千余人发动了起义，攻击德川幕府的各地政权。起义军开始时势如破竹，连连击败幕府军队，攻下了几座城池，而且影响越来越大，参加进来的农民逐渐增多。德川幕府紧急调动各地诸侯的兵力十二万镇压起义农民，起义军和幕府诸侯军队血战3个多月后终因寡不敌众而失败，起义军领袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府军队抓获，被判斩首示众，他死前却大声疾呼：我将像天主基督一样复活！
　　这个事件过去不久，天草四郎却真的复活了！负责保护幕府政权的是武林世家柳生家族，他们坚守自己的职责和天草四郎展开了或大或小的战斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵卫，他的家族武术渊源甚深，对剑术尤其精湛，而天草四郎则不断锻炼妖异魔法，也具备常人无法企及的法力，他们两人都感受到了对方的威胁，正邪激战一触即发……
　　故事中天草四郎以妖术打开地狱之门，召唤宫本武藏、荒木又右卫门、宝藏院胤舜等历代豪杰的鬼魂从魔界复活，企图毁灭德川政权，与知名剑豪柳生十兵卫，展开一场鬼哭神号的正邪对决。

　　全52话                                    
                               　　2009年4月5日 - 2010年3月28日                        

　　柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

　　《摇曳露营△》蓝光碟三卷各收录的新制动画短片。

　　看不到一点绿色的荒漠中央，一辆越野车载着数名全副武装的人类疾驰而过。他们来到了那座早已成为废墟的大都市，寻找各种可以回首的有用材料，同时执行这一项极其危险的秘密任务。他们的举动很快就被对手发现，那是一辆战争时期遗留下来的智能战车，它可准确感知对手的存在，并第一时间发动毁灭性的攻击。战士们按照原定计划展开合围，可是根本抵挡不住机器战车的猛烈炮火。
　　死一般沉寂的都市，人和机器的战争逐渐升级。可叹的是，人类制造出如此精良的武器，却用它来毁灭了文明，毁灭了自己……