為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。 後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰況更加白熱化。
打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
万族咆哮，撕裂苍穹！全面转职时代彻底降临！觉醒日，李一觉醒至高阴神职业——阴司至尊！生死簿翻页，万灵寿数由吾定；轮回盘转动，诸界亡魂归吾掌！十万鬼将，百万阴兵，一念断生，一念断死，诸天万界我为尊，吾意即天意！面对异族屠戮，人族悲歌响彻寰宇。
以现代日本为背景，描绘忍者与极道之间激烈对抗的动作漫画。1657 年，在明历大火的背后，由幕后江户守护者神赛惨蔵与始祖极道、江户第一任侠幡随院长兵卫的死斗引发的忍者与极道的宿怨，至今仍在延续。极道，既是那些被社会孤立之人的唯一归宿，同时也因犯下诸多恶行而屡遭企图消灭极道的忍者袭击。 竹本组的“幕后组长”兼“破坏之八极道”成员之一辉村极道，为了彻底消灭忍者，使用了一种能异常强化身体能力的毒品——“地狱回数券”，并在东京各处制造引人注目的骚乱，以此引诱察觉恶行而来的忍者。在这场骚乱中，一个不受法律与权力束缚、致力于阻止极道恶行的忍者团体“帝都八忍”中的一员被杀，包括“多仲忍者”在内的同伴们燃起了对极道的复仇之火。 另一方面，表面上过着高中生生活的少年“忍者（忍叶）”和表面上作为精英上班族生活的青年“极道（极美）”，因女童向动画《公主系列》的话题而意气相投，在彼此不知对方真实身份是“忍者与极道”的情况下建立了友谊。
武林中为名利、为恩怨纷争不息，霹雳门为防止秘密外泄，极力欲寻回霹雳眼。素还真揭穿白骨灵车宇文天的身份而名声大噪，却引来五大门派的杀机。其友谈无欲也藉黄山八珠联的打击，双方各出名人榜斗智。素还真屡次遇到困难危险，皆以其高超的谋略和卓越的武功化解。不料以智慧著称的欧阳世家暗中崛起，收买各大高手为义子，颠覆各大门派，素还真与欧阳世家斗智斗力，最后却因密友一线生倒戈，素还真功亏一篑，向欧阳上智称臣，各门派因此奉欧阳上智为武林至尊。
