為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。 後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰況更加白熱化。
在东京晴空塔底下，世界一流的武术爱好者德川光成设置了一个研究实验室，进行禁忌实验。 实验使用最先进的科学技术，目标是用传奇剑豪宫本武藏的遗骸创造出克隆人，让他在现世复活。 这位强大战士早已赢得所有想像得到的称号与荣誉：究极武士、剑圣、天下无双。如今，他的重生恐怕将撼动现代日本，甚至全世界都会陷入混乱。 准备好见证超越历史的终极大战，刃牙、勇次郎、地下斗技场的高手们，以及所有为战斗而生的人都将卷入其中。
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重返奇妙世界，探索浩瀚宇宙，罗莎塔公主、酷霸Jr.、耀西等更多惊喜角色登场，开拓更宏大酷炫的版图，呈现更精彩纷呈的冒险。
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