神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
集境十八楼联盟企图攻占苦境。灯蝶利用太幻楼人事更替之际，阴谋夺权，成为楼主花影人，其後又成为十八楼的联盟主席，声势震撼武林诸派。其时魔域趁机蠢动，三途判也趁此机会挣脱天牢，并勾结半邪郎等恶徒，企图再度危害武林，中原武林纷争迭起。 紫锦囊、一休禅师、慈航渡、崎路人┅┅等侠义之士，为平息武林之纷争，奔走奋战，冒险牺牲与邪教恶徒相抗衡，陆续平定群妖，但其伤亡自不在话下。
