《末世觉醒之入侵》讲述了人类与AI智能之间残酷的生存战争，关注末世这种极端环境下的人性真相。在未来科技为王的时代，人类败给觉醒的人工智能强AI，被实验失败产生的“意识消失者”感染。少数幸存者在世界角落苟活，争夺灾变前遗留的生存物资。地球一片荒芜，马三等人为了生存走上反抗道路，却卷入人类内部的利益斗争。故事围绕能源争夺展开，突出种族利益纷争，跨越时空维度，描绘出一幅反乌托邦的现实主义画卷。
顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
唯我成幸（逢坂良太 配音）是一个看上去非常平凡的青年，唯一的优势就是每门学科都取得了很好的成绩。学校里有一个可以免除考试以及学费的特别VIP推荐名额，为了得到这个名额，成幸主动提出要担任帮助同学学习的教育指导员的职位。 被称为“文学之森的睡美人”的千金大小姐古桥文乃（白石晴香 配音）、被称为“机关精巧的拇指姑娘”的理科健将绪方理珠（富田美忧 配音）、被称为“白银的漆黑人鱼公主”的游泳部种子选手武元润香（铃代纱弓 配音），需要成幸辅导的，是这三位校园里的传奇人物。原本以为是非常轻松的工作，没想到这三个姑娘虽然在某一方面非常优秀，但在不擅长的科目上真的是令人大跌眼镜。
故事发生在1931年的上海，第一次世界大战让各个国家都是一副满目疮痍的面孔，在战火和硝烟之后，存在着一个从未被载入史书的秘密组织，人们称它为“樱井机关”。这个组织收纳了一群拥有着特异功能的成员们，他们依靠着各自的能力，解决着发生在当时的各种各样疑难案件。 个性开朗作风轻浮的三好葵（吉野裕行 配音）、心高气傲刻板固执的伊波葛（浪川大辅 配音）、温文尔雅的千金大小姐苑树雪菜（生田善子 配音）以及其貌不扬对雪菜忠心耿耿的键谷枣（星野贵纪 配音），他们穿梭在死亡和危险之中，并且最终无法自持的被卷入了一个惊人的秘密之内。
