《末世觉醒之入侵》讲述了人类与AI智能之间残酷的生存战争，关注末世这种极端环境下的人性真相。在未来科技为王的时代，人类败给觉醒的人工智能强AI，被实验失败产生的“意识消失者”感染。少数幸存者在世界角落苟活，争夺灾变前遗留的生存物资。地球一片荒芜，马三等人为了生存走上反抗道路，却卷入人类内部的利益斗争。故事围绕能源争夺展开，突出种族利益纷争，跨越时空维度，描绘出一幅反乌托邦的现实主义画卷。
从小到大，上杉练（关智一 配音）和姐姐上杉美鸠（北都南 配音）就生活在父亲暴力的阴影之下，终于，忍无可忍的两人选择了离家出走，可是，身无分文的两人在七滨市中几乎无法生存。一次偶然中，姐弟两人遇见了名门久远寺家的大小姐，出于同情，后者决定将两人带回自己的府邸中，担当管家与女佣的职位。 就这样，上杉姐弟两的新生活开始了。久远寺家有着三位女主人，分别是声名远扬的指挥家兼当家久远寺森罗（伊藤静 配音），个性傲娇但直爽的次女久远寺未有（后藤邑子 配音），以及里里外外都是少女心的久远寺梦（水森志寿香）。虽然这三个颇具姿色的大小姐经常让上杉练感到无所适从，但也是她们让上杉练明白，人间自有真情在。
梶原空（花泽香菜 配音）是一个个性沉默害羞的女孩，对于刚刚进入的高中校园这件事情，经常处于放空状态下的她还是有些不适应，而同学们热衷的课后社团对于空来说也变成了一个难以解决的问题。在好友麻生夏海（中世明日香 配音）的邀请下，空来到了美术社，这个安静的小小角落一下子就吸引 了空的注意，就这样，作为美术社的一员，空的高中社团生活正式开始。 在学校里，聚集了一群有才又善良的同好们。寡言少语的鸟饲叶月（牧野由依 配音），三无少女空闲木阴（斋藤桃子 配音），天性活泼又有些大条的栗原渚（田村由香里 配音），迷糊大王佐佐木树树（近江知永 配音），女孩们的陪伴为空平静的生活增添了亮丽的笔触。
