星星球的球长被大小怪和新搭档--嚯哈哈袭击昏迷不醒。百事通老师探到，只有在一本记录中古时期风土人情的神秘书中找到风火雷冰四根魔杖，才能救球长。为了球长，超人们来到中古小镇，在当地居民和国王的帮助下，利用有限的线索寻找由国师笑哈哈遗留下来的魔杖。大小怪不想让超人得到魔杖，也去到小镇，在嚯哈哈的帮助下伺机阻挠超人寻找魔杖。最后，超人们集齐魔杖，利用其力量救了球长，再一次挫败了大小怪的阴谋。
When a prehistoric Sponge is unfrozen, he causes chaos all over town - and only SpongeBob can communicate with him! When a flock of clams descend on Bikini Bottom, SpongeBob has to get them out before they ruin the whole town!
2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学園の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という学園独自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に、壮絶な運命へと身を投じる――！
