在这次的故事中，火星娃和他的小伙伴们一起驾驶机器人，与魔狼军团进行了新一轮的战斗。自从魔晶岛的历险之后两年，小星和阿左等人都回到了现代的地球，在阿左居住的城市中平静的生活着。大家都以为从此可以过上安静平和的生活。谁知，来自火星的侵略者魔狼和他的手下邪恶博士伽玛、爪牙肥蛋、大头鸡等依然潜伏在地球上。他们以一家生产玩具的工厂为掩护，实则却在地下建立了一个秘密的基地。这些邪恶的入侵者觊觎着不知隐藏在何处的神秘魔力水晶，妄图凭借着魔力水晶的力量实现自己统治全宇宙的野心。
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狐妖蛊惑书生的风波平息后，神都恢复了以往的繁华与喧闹，武后心情大好，决定举办一场盛大的秋猎，邀请王公贵族和民间擅长武艺的能人共聚一堂，切磋骑射。 吐谷浑小可汗慕容纪也受邀参加秋猎，却阴差阳错的成了一场行刺武后阴谋的“嫌疑人”。走投无路的慕容纪只得向裴坤求助，希望他能帮忙找出真凶，洗清自己的冤屈。为保大唐国泰民安，也为帮助好友，裴坤和尉迟柱、韩冬青等伙伴再次联手查案，一路险情和笑料不断，终于追查到了谋刺武后的真凶，阻止了一场大唐与吐谷浑之间的战争。
「遠未来における地球人類と異星生物の宇宙戦争」という原作のプロットは踏襲したが、軍事に貢献することで参政権がえられるなどの世界観は、軍国主義的、戦争肯定的なものであり、問題があったといえる。そのためアニメ版ではこのような価値観を薄め、『トップガン』のような「軍隊における青春物語」としての性質が濃い（その意味では翻案作品といえる）。ブエノスアイレスがアレクニドの攻撃（原作では攻撃手段の描写がないが、アニメでは宇宙船に取り付いて侵入したアレクニドが攻撃）によって壊滅し、全面戦争が始まった流れは同じだが、なぜ戦うのかという哲学が語られることはなく、普通の高校生だった主人公が兵士として成長する過程が描かれている。
