在旷日持久的世界大战后，城市中遍布着出于不同原因而接受了机械化改造的人类，这些人被称为“扩张者”。与此同时，扩张技术的开发方，科技公司“贝琉连”也因战争对高科技兵器与扩张改造的需求而迅速膨胀，成为了一手遮天的巨型企业，操控着整个城市。随着扩张技术的发展，扩张者与普通人类之间逐渐产生了隔阂，也出现了许许多多的摩擦，由于过度改造而获得强大力量的“过剩扩张者”开始引发一系列社会问题，qiwan.cc成为了威胁社会稳定的重大隐患。因此，政府下辖的复兴厅设立了名为EMS（扩张者对策局）的机构用以管理与扩张者相关的事务，与称霸一方的贝琉连形成了暗中联系又相互牵制的微妙局面。在混乱的社会秩序中，故事的主角，以一把左轮手枪作为头部的过剩扩张者——乾（qián）十三以“处理屋”的身份活跃在城市中，负责接受委托并处理与扩张者相关的各种棘手案件，以此过着行走于刀尖之上的生活。而这样的生活，因为一次别有隐情的“绑架案件”发生了变化……

　　少年仲人无意中闯入了绫小路博士的实验室，阴差阳错地启动了博士研究的钢铁天使胡桃，而胡桃也只把仲人视为主人，对他唯命是从，军队为了收回胡桃，先后派了另两位钢铁天使莎奇和佳玲加，但都失败了。原来整件事背后还有一个组织在操控着，而且博士也被他们劫走了，为了找出答案，仲人和胡桃一行人起身前往博士的秘密实验室。

　　正是狂风暴雨时节，路飞、娜美、索隆等人登上一艘行将沉没的海盗船，并发现一个巨大的藏宝箱。众人费了九牛二虎之力，终于将箱子带回梅利号。结果发现，箱子里没有任何金银财宝，而是一个长相怪异且有些脱线的老太婆。老太婆唯恐路飞他们杀掉自己，于是许诺愿用金冠的秘密交换的生命。所谓金冠，传说是一顶价值连城的王冠，只有真正的海之王才能拥有。路飞相信了老太婆的话，于是扬帆朝目标之地挺进。
　　众人来至老太婆所住的机械岛，然而老太婆的儿子兰切特以为路飞等人是劫持了自己母亲的盗贼。他一面救回母亲，一面利用其研制的机械巨兵向梅利号展开攻击。寻找金冠的道路上危机重重……

　　宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。
　　A.G.（Advanced Generation）101年
　　突如其来的不明敌人（UE=Unknown Enemy）攻击宇宙殖民地“天使”并使其崩毁，这死伤惨重的悲剧日后被称为“天使的日落”，之后UE对居住在地球圈的人们带来长期的危害。
　　A.G.108年
　　与UE的战斗持续着，原本和平的宇宙殖民地“奥凡”也遭到袭击，居住在此的7岁少年弗里特·明日野在战火中失去了母亲。不过，母亲在临终时，将家中代代相传的记忆单元“AGE装置”托付给他。其中包含着被称为救世主的古代MS“高达”的设计图，弗利特继承了母亲的意志，决心造出高达。
　　A.G.115年
　　14岁的弗利特被宇宙殖民地“诺拉”的联邦军基地阿林斯顿接收。七年间，和基地的工程师们持续着研究，终于完成了高达。这部搭载了“AGE系统”的高达，能够令机体自我进化。
　　然而，可怕的时刻终于来临……
　　UE的魔爪终于逼近和平的殖民地“诺拉”。
　　如今，弗利特开动自己制造的高达，挺身而战。
　　到底弗利特能战胜14年间都不能战胜的可怕敌人UE吗？
　　历经明日野家族3代人的“百年战争”由此展开……